<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 4, 2017 at 10:51 PM, Saulius Gražulis <span dir="ltr"><<a href="mailto:grazulis@ibt.lt" target="_blank">grazulis@ibt.lt</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi, Peter,<br>
<br>
thanks for your comments!<br>
<span class=""><br>
On 2017-02-23 11:25, Peter Murray-Rust wrote:<br>
> I have been interested in getting chemical spectroscopists to adopt<br>
> standards for publishing and sharing data for at least 20 years. In<br>
> short: there needs to be communal will and there isn't enough to drive a<br>
> useful process.<br>
<br>
</span>Well, at the moment we need to set up smooth data exchange for our SOLSA<br>
project, so there is a need for common expandable spectroscopy standard;<br>
also, other people are looking for similar things, as I have learned<br>
recently.<br></blockquote><div><br></div><div>Could be a good idea to post on the <a href="http://blueobelisk.org">blueobelisk.org</a> mailing list for ideas.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
The key point is that it needs to be simple -- we can not afford<br>
spending much time to implement a complicated format/standard.<br>
<span class=""><br>
> There are standards - starting with JCAMP - which work<br>
> for many potential uses. JCAMP - 30 years old - can do much of what is<br>
> required for small to medium data sets and especially where there is a<br>
> single technique.</span>dard is worth having, if only for that reason.<br>
<span class=""><br></span></blockquote><div>... Spectroscopy can be complicated (GC-MS-MS etc. So suggest we start with 1-D spectra HNMR CNMR UV-VIS<br><br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">
> Unless there is a clear organisation with a future driving the process I<br>
> think years could be spent getting nowhere.<br>
<br>
</span>IUCr?<br></blockquote><div><br></div><div>Worth asking. Let's suggest spectroscopy coupled to, or co-published with, crystal structures. That could avoid  inter-Union sensitivities.<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span class=""><br>
> In short unless there is a strong spectroscopy champion I would not<br>
> develop in advance of market pull.<br>
<br>
</span>We have several spectroscopy groups collaborating in our SOLSA project,<br>
and they expressed genuine interest in having a standard for data<br>
sharing. If we can come up with something simple enough, the investment<br>
is worth doing -- and then we'll see.<br></blockquote><div><br></div><div>My suggestion is to create and deploy a working toolset. That exists. People like Egon Willighagen and Chris Steinbeck will help. Show what can be done.  <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
I would say a standard is only as good as the software that supports it,<br>
and only of there is considerable amount of available data in that<br>
standard. If we can get these then the effort is worth it.<br>
<br>
The worst thing that can happen is that people will start dumping<br>
spectra in CSV files from Excel, without any standard or ontology<br>
whatsoever. We would then risk loosing a lot of valuable measurements<br>
just because they are not properly documented.<br></blockquote><div><br></div><div>The worst thing - and it happens several million times a year - is to dump it as PDF, often bitmaps.<br></div><div>ARGHHH! <br></div><br clear="all"></div><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Peter Murray-Rust<br>Reader Emeritus in Molecular Informatics<br>Unilever Centre, Dept. Of Chemistry<br>University of Cambridge<br>CB2 1EW, UK<br>+44-1223-763069</div></div></div>
</div></div>