<div dir="ltr"><div><div><div>Dear COMCIFS,<br><br></div>Please see below a draft report for the preceding year for submission to the IUCr executive.  Please let me know as soon as possible of any errors or omissions.<br><br></div>thanks,<br></div>James.<br clear="all"><div><div><div><div><br>COMCIFS report 2016<br>===================<br><br>COMCIFS is tasked with maintaining and developing the Crystallographic<br>Information Framework (CIF) on behalf of the IUCr. <br><br>New dictionaries<br><br>A dictionary describing magnetic structures (magCIF) was produced<br>by the Commission on Magnetic Structures with technical advice<br>from COMCIFS members.  It has been approved by COMCIFS and has<br>seen rapid adoption in software dealing with magnetic structures.<br><br>Updating legacy dictionaries<br><br>At the 2014 Montreal meeting, COMCIFS resolved that all dictionaries<br>written in the legacy DDL1 language would be converted to the new DDLm<br>language.  A DDLm version of the core CIF dictionary, upon which most<br>other dictionaries depend, was approved by COMCIFS towards the end of<br>2016. Draft DDLm versions of the remaining dictionaries are being sent<br>out to the original authors for checking.  As part of this process,<br>authors are able to provide any updates and new definitions, and will<br>be invited to contribute or update chapters for the second edition of<br>International Tables Volume G.<br><br>Macromolecular standards<br><br>The wwPDB continued to promote CIF usage in the macromolecular<br>community, with sponsorship of SASCIF expansion efforts [1] and<br>hybrid methods dictionary extensions [2].<br><br>The new wwPDB OneDep Deposition & Annotation system [3]<br>(<a href="http://deposit.wwpdb.org">deposit.wwpdb.org</a>) released with added support for NMR and 3DEM<br>Structures.  The OneDep system is built on a PDBx/mmCIF data<br>infrastructure representing all of these experimental methods [4].  The<br>X-ray refinement applications CCP4/REFMAC and Phenix.Refine both<br>support the production of PDBx/mmCIF data files ready for deposition.<br>Current dictionaries used by this system are made available on the<br>PDBx/mmCIF resources site <a href="http://mmcif.wwpdb.org">mmcif.wwpdb.org</a>.  <br><br>Interaction with other data management initiatives<br><br>For the past five years, we have worked to achieve interoperability<br>between imgCIF/CBF and NeXus/HDF5 NXmx in describing metadata for<br>macromolecular crystallography diffraction images.  This effort has<br>contributed to successful handling of diffraction images from XFEL<br>detectors and Dectris Eiger detectors in both CBF and HDF5<br>formats [5][6][7][8].<br><br>Starting in 2016 there have now been four High Data -Rate<br>Macromolecular Crystallography (HDRMX) meetings (see<br><a href="http://www.medsbio.org/hdrmx/">http://www.medsbio.org/hdrmx/</a>).  At the most recent HDRMX meeting,<br>(March 2017) it was agreed to begin mapping both the mmcif and corecif<br>dictionaries into NeXus, so that complete descriptions of the samples<br>studied can be included with diffraction image metadata in the<br>earliest stages of crystallographic studies.  This will facilitate<br>both publication and archiving.<br><br>======<br><br>[1] Extension of the sasCIF format and its applications for data processing and deposition<br>Kachala, M., Westbrook, J., & Svergun, D. (2016). Journal of Applied Crystallography,<br>49(Pt 1), 302–310.<br><br>[2] <a href="https://github.com/ihmwg/IHM-dictionary/blob/master/dictionary_documentation/documentation.md">https://github.com/ihmwg/IHM-dictionary/blob/master/dictionary_documentation/documentation.md</a><br><br>[3] OneDep: Unified wwPDB System for Deposition, Biocuration, and<br>Validation of Macromolecular Structures in the PDB Archive Jasmine<br>Y. Young, John D. Westbrook, Zukang Feng, Raul Sala, Ezra Peisach,<br>Thomas J. Oldfield9, Sanchayita Sen, Aleksandras Gutmanas, David<br>R. Armstrong, John M. Berrisford, Li Chen, Minyu Chen, Luigi Di<br>Costanzo, Dimitris Dimitropoulos10, Guanghua Gao, Sutapa Ghosh,<br>Swanand Gore, Vladimir Guranovic, Pieter M.S. Hendrickx, Brian<br>P. Hudson, Reiko Igarashi, Yasuyo Ikegawa, Naohiro Kobayashi,<br>Catherine L. Lawson, Yuhe Liang, Steve Mading, Lora Mak, M. Saqib Mir,<br>Abhik Mukhopadhyay, Ardan Patwardhan, Irina Persikova, Luana Rinaldi,<br>Eduardo Sanz-Garcia, Monica R. Sekharan, Chenghua Shao, G. Jawahar<br>Swaminathan11, Lihua Tan, Eldon L. Ulrich, Glen van Ginkel, Reiko<br>Yamashita, Huanwang Yang, Marina A. Zhuravleva, Martha Quesada, Gerard<br>J. Kleywegt, Helen M. Berman, John L. Markley, Haruki Nakamura, Sameer<br>Velankar, Stephen K. Burley (2017) Structure , Volume 25 , Issue 3 ,<br>536 - 545<br><br>[4] NMR Exchange Format: a unified and open standard for<br>representation of NMR restraint data Aleksandras Gutmanas, Paul D<br>Adams, Benjamin Bardiaux, Helen M Berman, David A Case, Rasmus H Fogh,<br>Peter Güntert, Pieter M S Hendrickx, Torsten Herrmann, Gerard J<br>Kleywegt, Naohiro Kobayashi, Oliver F Lange, John L Markley, Gaetano T<br>Montelione, Michael Nilges, Timothy J Ragan, Charles D Schwieters,<br>Roberto Tejero, Eldon L Ulrich, Sameer Velankar, Wim F Vranken,<br>Jonathan R Wedell, John Westbrook, David S Wishart & Geerten W<br>Vuister,(2015) Nature Structural & Molecular Biology 22, 433–434<br><br>[5] Brewster, Aaron S., Johan Hattne, James M. Parkhurst, David<br>G. Waterman, Herbert J. Bernstein, Graeme Winter, and<br>N. K. Sauter. "XFEL Detectors and ImageCIF." Computational<br>Crystallography Newsletter 5 (2014): 19-24.<br><br>[6] Förster, Andreas, Stefan Brandstetter, Marcus Müller, and Clemens<br>Schulze-Briese. "EIGER detectors in biological crystallography."<br><a href="https://www.dectris.com/tl_files/root/applications/macromolecular_crystallography/application/White_Paper_EIGER_May2016.pdf">https://www.dectris.com/tl_files/root/applications/macromolecular_crystallography/application/White_Paper_EIGER_May2016.pdf</a><br><br>[7] Bernstein, Herbert J., Babak Andi, Kaden Badalian, Lonny<br>E. Berman, Dileep K. Bhogadi, Shirish Chodankar, Jonathan DiFabio,<br>Martin R. Fuchs, Jean Jakoncic, Edwin O. Lazo, Sean McSweeney, Lisa<br>Miller, Stuart Myers, Dieter K. Schneider, Bruno Seiva Martins, Wuxian<br>Shi, John Skinner, Hugo Slepicka, Alexei Soares, Vivian Stojanoff,<br>Robert M. Sweet, Ryan Tappero, and Lin Yang. "Computing<br>infrastructure, software optimization, and real time analysis for high<br>data-rate MX." In Scientific Data Summit (NYSDS), 2016 New York,<br>pp. 1-4. IEEE, 2016.<br><br>[8] Hester, James. "A Robust, Format-Agnostic Scientific Data Transfer Framework."<br>Data Science Journal 15 (2016)<br><br></div></div></div></div></div>